FIFA 99 is op veel belangrijke punten nog beter dan zijn ook al niet verkeerde voorgangers. De graphics zijn nu nog beter, de spelers en hun bewegingen zijn buitengewoon gedetailleerd en realistisch. Voor het eerst in de serie zijn de voetballers van verschillende grootte en de manier waarop ze met hun hoofd de bal volgen geeft u het gevoel dat u naar een echte voetbalwedstrijd zit te kijken. Nu is er ook veel aandacht voor het spel door de lucht. U kunt de bal bijvoorbeeld prachtig doodmaken op de borst of hem rechtstreeks doorkoppen naar een medespeler. Ook de volley en de omhaal zien er weer beter uit en tevens zijn er weer extra trucs en schijnbewegingen aan het arsenaal toegevoegd.